生物肥料简称“菌肥”，是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。它利用微生物的生命活动及代谢产物，改善作物养分供应，为农作物提供营养元素、生长物质，达到调控生长、增强抗逆性，达到提高产量、改善品质、减少化肥使用、提高土壤肥力的目的。
通过菌肥中微生物的生命活动，改善作物营养条件，如固定空气中的氮素，参与养分的转化，促进作物对养分的吸收；分泌各种激素刺激作物根系发育，抑制有害微生物的活动等。在蔬菜上应用，能预防蔬菜死棵，减轻病害，改良土壤、解除盐害等特殊作用。
微生物肥料的种类
1、微生物菌剂指目标微生物(有效菌)经过工业化生产扩繁后加工制成的活菌制剂，它具有直接或问接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用;应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长、改善农产品品质及农业生态环境。
微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性可分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。微生物菌剂中的微生物有益菌，可以以菌制菌、抑菌抗病、改良土壤。
2、复合微生物肥料指特定微生物与营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。
微生物菌剂里面单纯的就是活菌制剂，里面没有其他营养物质（N+P2O5+K2O，中微量元素，生物菌体蛋白，有机质，活性炭，活性钙，腐殖酸等），这是微生物菌剂于微生物肥料的最明显的区别。微生物菌剂里面的菌种纯度高，有效活菌数含量≥2亿/克。微生物肥料一般是有效活菌数≥2000万/克。它可以有效地活化土壤，促根养根，为作物生长提供充足的营养，保证作物健康成长。
3、生物有机肥指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为原料并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。发挥了生物菌“解”的作用，本身又供应了各种营养，是生物菌应用上的一大进步。
微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根，作基肥、追肥，沟施或穴施。在蔬菜上使用微生物肥料，主要目标是防治根部病害。如枯萎、黄萎、立枯、疫霉根腐、腐霉根腐等。特点是解决蔬菜死棵问题，除用溴甲烷等处理土壤，用杀菌剂早做预防外，使用微生物肥料是预防根部病害最理想的新方法之一。富含有益菌和有机质，可以充分给土壤补充有机质，活化土壤，增强土壤吸收能力。长期施用，可以从根本上改善土壤环境。这里就拿微生物有机肥来说，它具有4大作用：
产品作用：
1、提高化肥利用率的作用。随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
2、在绿色食品生产中的作用
随着人民生活水平的不断提高，尤其是人们对生活质量提高的要求，国内外都在积极发展绿色农业（生态有机农业）来生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用（或限量使用）化学肥料、化学农药和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，我国已用具有特殊功能的菌种制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。
3、微生物肥料在环保中的作用
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。目前已应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产特制微生物肥料（菌种剂）供应于堆肥厂（场），再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。
4、改良土壤作用
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
相信随着科学的进步，研究和生产发展的需要及监督制度的完善，微生物肥料一定能健康有序地发展，为农业增收发挥其应有的作用，前景将是非常广阔的。
